《神秘岛》故事叙述在美国南北战争时期，有五个被困在南军中的北方人，其中一个还是孩子，趁着一个机会用气球逃脱了。

他们中途被风暴吹落在太平洋中的一个荒岛上，但是他们并没有绝望，而是团结互助，运用大家和智慧和辛慧劳动，从赤手空拳一直到制造出陶器、玻璃、风磨、电报机……建立起幸福的生活。

这几个遇难者在荒岛上度过的岁月里，每当危难时刻，总有一个神秘人物在援助他们，这个人就是在他们到达之前就已信在岛上一个岩洞里的尼摩船长。

最后，在一次火山爆发中，这几个都险些丧命，直到格兰特船长的儿子罗伯尔所指挥的“邓肯号”经过那里时，才把他们搭救了。

回到美国之后，这几个“岛民”又重新开始他们在岛上建立的事业。